医院多次获国家 “十一五 ”科技重大专项、国家自然科学基金广东省联合基金等重大课题资助；先后获国家科技进步二等奖8项，中华医学科技奖一等奖1项，有1人获广东省突出贡献奖、1人获 “何梁何利奖 ”、10人获 “丁颖科技奖 ”；自主研发的 “全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂 ”取得了国家生物制品I类新药证书；侯凡凡教授在新英格兰医学杂志上发表了我国大陆第一篇原创性论著，影响因子达51.296。
医院在消化病诊治、肾病的综合治疗、血液病治疗、心血管病诊治、肿瘤综合和生物治疗、南方医院官网肾、肝及多器官联合移植技术、神经病学与颅脑外科、显微创伤外科、骨科技术、介入诊疗技术、大面积烧伤救治、重大突发事件的应急救治、整形美容、南方医院▲围产医学与辅助__、影像诊断、药学等方面形成明显的技术特色与优势。医院的远程医学会诊中心可与广东、云南、海南等省的150余家医疗卫生机构开展远程医学会诊。
医院设置专业学科52个，是临床医学博士后流动站；临床医学一级学科是博士学位授权学科，口腔医学一级学科为硕士学位授权学科。内科学（消化系病）是国家重点学科，外科学（骨外）是国家重点培育学科，消化内科、骨科、妇科、产科、南方医院官网，检验科、病理科是国家临床重点专科，内科学、外科学、肿瘤学、影像医学与核医学等4个二级学科为广东省重点学科，消化内科、肾内科、感染内科、脊柱骨病外科、围产医学为广东省重点医学专科；器官衰竭防治研究实验室为教育部-广东省共建重点实验室，肾功能衰竭研究实验室、病毒性肝炎研究实验室、骨与软骨再生医学实验室、胃肠疾病实验室为省级重点实验室；有国家中药和西药临床试验机构各1个；2010年，广东省肾脏病研究所在医院挂牌成立。创办于改革开放之初的南方医院惠侨科（惠侨楼）先后收治87个国家和地区的10万余名海外各界人士，1995年被中央军委授予 “模范医疗惠侨科 ”荣誉称号，并获江泽民主席亲笔题词嘉勉。
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南方医院系南方医科大学（原第一军医大学）第一附属医院、第一临床医学院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国百佳医院。医院创建于1941年，2004年8月随大学由军队移交广东省。
