医院创立之初，囿於台北教区经费有限，遭遇诸多困难，幸得田枢机多方奔走积极发动海内外教会及各界善心人士之慷慨捐助，尤以购地及建筑经费来源多仰赖西德天主教救济会及西德政府辅助开发地区经援会之资助，医院方得以在荜路蓝缕中创立医院未及建成，田枢机即因病逝世於嘉义，原台南教区罗光主教为教宗任命为台北教区总主教，临危受命担负起田枢机建院之遗志，幸蒙温中祥神父，王文升神父及施予仁神父等多位神长齐心协力，方得以在新店地区的「稻田中」建立同年十月廿二日正式开幕，并蒙蒋夫人亲临主持剪彩，西德天主教会代表德兴蒙席亦专程来台参加特命名为「耕莘医院」，以表达众人之无限追思院务日渐步入正轨，尽管初期呈现亏损情况，然而仍本著教会奉献，救人的初衷，经由教区的协助坚持下来袁君秀神父(已於民国七十五年蒙主恩召)，姚宗鉴副主教等历任院长之苦心经营，始得有今日之成就与规模罗总主教又鉴於台湾地区医疗业务蓬勃发展，然护理人才却亟待培育，遂积极筹资於院内兴建一设备完善之护理助产学校，以舒缓护理人力缺乏的问题负责校舍筹建工作，历经长达两年多的筹建工作，耕莘护理助产学校方於民国六十一年五月十四日正式开幕，肩负起作育护理人才的任务董事长罗总主教亲睹新店地区人口急速增加，医疗需求快速提升，医院原有病房及医疗设备已不敷使用，为使新店地区民众获得更好的医疗服务，遂授命袁院长於原有院舍东翼筹划新病房兴建工程，并扩充医疗设备并於六月三日正式开工，幸赖各界相关单位协助，所有工程如期於民国六十七年十月底告竣建坪2100坪，共计规划为地下一楼，地上五楼之六层楼式建筑,其中二楼至五楼均规划为病房(即为目前B栋病房,共可容纳各等病床约200张天主教圣母圣心修女会有感於该修会在台北万华区东园街所设立之圣若瑟医院院区狭小，已无法满足该地区与日遽增的医疗求，乃向台北教区贾彦文总主教提出合作计划，由修会拨出永和中兴街土地及部份基金，兴建七层之医疗大楼，於民国七十二年七月正式落成启用，并命名为「耕莘医院永和分院」，以承袭圣若瑟医院发扬基督博爱精神为宗旨耕莘医院更在前任院长姚宗鉴副主教高瞻远瞩的领导下，於东翼病房向右延伸扩建十层楼之现代化医疗大楼，增购最新医疗设备，广徵医疗专业人才，设立专科门诊以增加服务项目，提高医疗品质耕莘医院始成今日风貌并经卫生署评定为区域教学医院院务蓬勃发展，医疗水准日益提升，并先後与台大医院，台北医学院，荣民总医院及三军总医院等国内一流医疗单位建立医疗合作关系，选送优秀医疗人员至各大医学中心培训，以充实专业医疗人才；除此之外，为因应新店地区人口高龄化趋势，更积极设立护理之家，圣若瑟之家及日间照护中心等长期照护单位，以提供病患及其家属全人，全程，全家，全队照顾，因此深获台湾省及台北县政府方面的肯定，将省立仁爱之家颐苑自费安养中心及台北县立爱维养护中心委托耕莘医院办理已於台北东园街开设圣若瑟失智老人养护中心及日间照护中心，并成立失智老人社会福利基金会，以关怀社会上几乎被遗忘的一群耕莘医院已於93年5月正式落成启用新建医疗大楼，且耕莘医院与同为教会事业的辅仁大学进行建教合作，耕莘医院为辅大医学院之教学医院，耕莘医院日後更将本著耶稣基督博爱济世的精神，朝向医学中心之路向前迈进，为提供国人更好的医疗品质而努力。
