南海渔业网官方网站，www.nhyzchina.gov.cn政府1984年5月机构调整后，归属农牧渔业部，改称农牧渔业部南海区渔政分局，同时挂农牧渔业部南海区渔业指挥部牌子。1994年12月机构改革后，改为农业部南海区渔政渔港监督管理局，并保留农业部南海区渔业指挥部牌子。2002年3月成立珠江流域渔业管理委员会和2003年5月成立农业部港澳流动渔民工作协调小组之后，加挂珠江流域渔业管理委员会和农业部港澳流动渔民工作协调小组办公室两块牌子。2008年改称为现名农业部南海区渔政局。
农业部南海区渔政局（对外称中华人民共和国南海区渔政局）是中央驻穗正厅级单位，直属农业部“南海渔业网站”www.nhyzchina.gov.cn。
本局前身为南海区渔业指挥部，成立于1974年4月，直属国务院，中央军委领导
