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医院创建于1955年，原名 “中央结核病医院 ”，几经更名，2007年6月正式将 “北京胸部肿瘤结核病医院 ”更名为 “北京胸科医院 ”。医院兼设 “北京肺癌诊疗中心 ”、 “北京骨关节结核诊疗中心 ”、 “国家药品临床试验机构、 “中国CDC结核病防治临床中心 ”、 “WHO结核病研究培训合作中心 ”，北京胸科医院，http://www.bjjys.com.cn，为国家首批博士和硕士学位授予单位。
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