门诊部设有中西医内、外、妇、儿、眼、耳鼻喉、口腔、针灸、__、骨伤、肛肠、海门市中医院官网皮肤科和心脑血管、消化、呼吸、神经、糖尿病、肿瘤、泌尿、肝病、男性科、海门市中医院▲磁化血疗室等专科专家门诊。住院部共有10个病区，300张病床，7个净化手术间，1个重症监护病房和1个血透室。病房大楼功能设施齐全，配有中央空调、中心供氧、中心吸引系统。每个病室均有高档病床、陪客椅、电视、电话和卫生间及洗浴设施。能常年开展普外科、海门市中医院官网，骨伤科、脑外科、肿瘤外科、妇产科、五官科、肛肠科等各种手术。 胆道外科1996年起在南通地区率先开展电视腹腔镜胆囊切除术（已成功开展2000多例）。 肿瘤外科2004年起在南通地区率先开展体内 gamma;刀和冷极射频治疗胸腹腔肿瘤。骨伤科2004年起在南通地区率先开展经皮激光汽化术，治疗腰椎间盘突出症。泌尿外科能采用钬激光治疗输尿管和膀胱结石。使用前列腺电切镜治疗前列腺增生、膀胱肿瘤。妇产科能采用电视腹腔镜开展子宫切除、宫外孕、子宫肌瘤切除、卵巢囊肿摘除；采用宫腔镜开展子宫息肉、子宫粘膜下肌瘤摘除等微创手术。中西医结合肝病专科能治疗急慢性肝炎、肝硬化、肝腹水。海门市中医院▲，心血管内科能开展心脏起博器安装和冠脉造影业务。针灸科冬病夏治防治气管炎享誉市内外。震波碎石科擅治泌尿系结石。中医脑病专科治疗老年性痴呆症、侧索硬化症；中医妇科治疗不孕症；眼科开展白内障超乳手术；彩超引导下介入治疗肝肾囊肿、附件囊肿等技术均有独特之优势。该院经常聘用上海、南通等地各专科高级专家来院指导、讲课、带教、会诊等活动。医院拥有高档、进口的彩超、海门市中医院官网黑白超、螺旋CT、数字胃肠机、X光摄片机、C臂机、隔室__机、激光相机、CR、电子胃肠镜、电视腹腔镜、胆道镜、宫腔镜、膀胱镜、全自动生化分析仪、五分类血球计数仪、全自动酶免分析仪、海门市中医院▲免疫发光仪、RCR基因扩增仪、 gamma;-计数仪、血凝仪、全自动尿沉渣分析仪、病理图像分析仪、快速冰冻切片机。12导联心电图机、24小时动态心电记录仪、运动平板、运动血压、肺功能仪、脑电图、遥控心电监护仪、多功能麻醉监护仪、肿瘤系列大型治疗设备（体内伽玛刀、海门市中医院官网；温热介入治疗机、冷极射频机、高频热疗机）、血液透析仪、震波碎石机、红外线乳腺诊断仪、三维电脑牵引床、血液回输机、电脑灌肠机、自动煎药机等先进医疗仪器设备。 医院制剂室能生产近20多种中医专家研制的疗效独特的中药制剂。
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海门市中医院是一所具有多项医疗特色的中西医结合二级甲等中医院和爱婴医院，是南京中医药大学等多所医药院校的教学实习医院。
