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中心主要职责是：负责我国环境保护领域利用国际金融组织资金、履约项目资金、双边援助资金（下称国际援助资金）及其它对外经济合作事务的管理工作；收集和汇总国际援助资金项目的信息，协同编制我国利用国际援助资金项目的规划和计划；收集、汇总国际援助资金备选项目，协同进行或组织项目筛选、评审；负责同国家归口部委的外资利用部门联络，指导地方和部门利用国际援助资金项目的实施；负责拟定有关国际援助资金项目的管理规章，管理实施环境保护部承担的国际援助资金项目；协助国际组织在非环保项目中增加相关的环保内容，环境保护部环境保护对外合作中心，http://www.mepfeco.org.cn，协同审核利用国际援助资金项目中的环境影响评价工作；引进和输出环境保护国际合作技术和知识，为国家环境保护部门提供技术支持。
近年来，对外合作中心始终坚持围绕环保中心工作，充分发挥立足国内、面向国际的前沿优势和环境保护对外合作的桥梁和窗口作用，不断推动各项工作向前发展。中心负责实施的多项国际环境公约的履约工作取得重大进展：《蒙特利尔议定书》履约方面，淘汰了消耗臭氧层物质10万吨生产量和11万吨消费量，约占发展中国家总淘汰量的50%，率先比公约规定时间提前两年半实现主要物质的淘汰，成为发展中国家履约典范，并获得联合国《蒙特利尔议定书》实施奖。《斯德哥尔摩公约》履约方面，环境保护部环境保护对外合作中心承担了《国家实施方案》的拟定工作，开展了多个领域和行业持久性有机污染物削减、淘汰和控制示范项目建设，并在2009年5月全面淘汰了滴滴涕等9种杀虫剂类持久性有机污染物。《生物多样性公约》履约方面，以双边、全球环境基金及《中欧生物多样性项目》等项目为依托构建中国生物多样性伙伴关系，支持《中国生物多样性战略及行动计划》等重大政策的制定，通过开展能力建设、技术示范等活动，有力推动了我国生物多样性保护工作。环境保护应对气候变化工作方面，中心开发的CDM项目温室气体减排量占全球减排量的20%以上，为全球应对气候变化做出突出贡献。双边、多边环境项目合作方面，围绕环保重点工作，积极引进资金、技术和先进管理理念，加强环保基础能力建设，加快产业结构调整，推动环境保护实现历史性转变。全球环境政策研究方面，加强了对全球环境热点问题、环境政策动态的跟踪与研究，为国家环保决策提供技术支持。
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