为了强化管理，增强竞争意识，1996年8月，学校实行了内部管理体制的改革，即校长负责制下的全员聘任制。聘任制的实行，调动了广大教职工的工作积极性，实现了教育教学质量一年一大步，岁岁上台阶的计划，完成了睢县高级中学的振兴阶段和创办豫东名校的办学目标。1999年10月，在对原来改革方案进行修改、补充、完善的基础上，校教代会又通过了《睢县高级中学对学生实行德育量化管理的实施方案》，使学校的管理更加合理化、全面化、规范化、科学化。学校一贯坚持社会主义办学方向，坚持“诸育并重，德育为首”“以章治校”“严谨执教”三个原则。对教师提倡奉献精神、拼搏精神、“三苦”精神和团结协作精神，要求学生“规规矩矩做人、认认真真读书”。在校园建设中，学校努力改善办学条件，做好绿化、美化工作，校园面貌日新月异，花园式学校已初具规模。
学校设有校长办公室、政教处、教务处、教研室、团委、总务处等机构。
睢县高级中学现为省示范高中，坐落在美丽的在睢州城湖岸边，总占地288666平方米(433亩)。99年以来，根据学校发展规划和教育教学现代化建设的需要，对校园进行了彻底改造，多方筹措资金3000万元用于扩建、新建教学楼、办公楼、实验楼、师生公寓楼、餐厅及修筑道路、美化环境、增置教学设施、改善办公条件等，经过几年的艰苦努力，老校区旧貌换新颜，新校区呈现新景观，一所建筑新颖，布局合理、教学设施齐全、环境优雅整洁、教育教学质量一流的崭新学校已经屹立在豫东大地上。
