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基础医学院下设法医学系、生物医学工程系、检验医学系，包括21个教研室、11个中心（分子医学研究中心、计算机中心、教学实验中心、外语教研培训中心、法医鉴定中心、临床病理检测中心、病原生物学检测中心、中山大学中山医学院官网心脑血管研究中心、神经科学研究中心、继续教育中心、科技开发中心），2个研究所(中西医结合研究所、法医学研究所、还拟建立热带医学研究所)，2个实验室（干细胞与组织工程研究实验室和蛋白质组学实验室）。全院共有1个国家级重点学科（药理学），中山大学中山医学院▲3个省级重点学科（药理学、病原生物学、法医学），1个博士后流动站，14个博士点，17个硕士点，2个一级学科博士点（基础医学和生物医学工程）。
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“中山医学院”最早得名于1957年，其源头可以追溯到1866年成立的中国最早西医学校——博济医学堂。
