医院建有中心实验室、疼痛实验室、耳鼻咽喉科解剖实验室、疼痛医生尸体操作培训室等。配备了免疫学检测仪器、基因扩增及分析设备、细胞培养设备、蛋白质分析仪、流式细胞仪等多项高端设备，深圳市第六人民医院，http://www.sznsyy.net，可开展外周血单核细胞分离技术、间接免疫荧光技术、酶联免疫吸附测定技术、基因扩增与分析、单克隆抗体培养、PCR技术等多项临床与基础研究。
医院现有员工1947人，其中：博士58人、硕士191人；正高82人、副高240人；设有44个临床科室、19个医技科室和30个行政后勤科室，下辖25个社康中心。
近年来，南山区委区政府高度重视医疗卫生事业发展，不断加大人、深圳市第六人民医院财、物投入，南山卫生事业呈现崭新活力，工作蒸蒸日上。到2010年，南山区卫生项目经费投入达3.45亿元，较2006年的1.05亿元增长3.29倍；自2006年至今，南山区共投入设备购置资金1.42亿元，为辖区卫生事业的快速发展奠定了坚实的基础。南山区卫生局在区委区政府的坚强领导下，狠抓医疗质量，力创南山品牌，南山医院硬件设施不断完善，医疗服务质量显著提升，重点专科和特色专科大力发展。2011年2月22日 ，经过不懈努力，南山医院以过硬的综合实力高分晋级全省首家区级三级甲等医院，成为深圳市第四家三级甲等综合医院，填补了区内空白。
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