广州南方医院医院设置专业学科52个，是临床医学博士后流动站，临床医学一级学科是博士学位授权学科，口腔医学一级学科为硕士学位授权学科。内科学（消化系病）是国家重点学科，外科学（骨外）是国家重点培育学科，消化内科，骨科，妇科，产科，检验科，病理科是国家临床重点专科，内科学，外科学，肿瘤学，影像医学与核医学等4个二级学科为广东省重点学科，消化内科，肾内科，感染内科，脊柱骨病外科，围产医学为广东省重点医学专科，器官衰竭防治研究实验室为教育部-广东省共建重点实验室，肾功能衰竭研究实验室，病毒性肝炎研究实验室，骨与软骨再生医学实验室，胃肠疾病实验室为省级重点实验室，有国家中药和西药临床试验机构各1个，2010年，广东省肾脏病研究所在医院挂牌成立。创办于改革开放之初的南方医院惠侨科（惠侨楼）先后收治87个国家和地区的10万余名海外各界人士，1995年被中央军委授予模范医疗惠侨科荣誉称号，并获江泽民主席亲笔题词嘉勉广州南方医院官网,网址,，www.nfyy.com。
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