2002年6月，北京市妇女保健所、北京市儿童保健所、北京市计划生育技术研究指导所合并组建北京妇幼保健院，设在新院东院区，与北京妇产医院归属一个院领导班子管理。该院承担全市18个区县妇女保健、儿童保健和计划生育技术指导及质量控制工作，在全国率先开展亚健康保健、北京妇产医院，http://www.bjogh.com.cn，新生儿疾病筛查等工作，为促进全市妇幼保健事业发展做出重要贡献。
科研成果丰硕，50年来获得国家级、部委级、市级等科技成果奖励122项。近十年已经完成科研课题54项，正在进行的国家自然基金、十五攻关课题、部委级课题、市自然基金、科技新星资助课题116项。在国内外发表论文2000余篇。在中华医学会专科分会、北京妇产医院北京分会担任主任委员14人次，副主任委员15人次，常务委员12人次。担任各医学专业杂志主编、副主编3人次，常委编委、编委71人次。
医院总建筑面积67484平方米，设置病床660张；年门、急诊量80余万人次，住院2.5万人次，2008年出生婴儿13813名，居全市第一。建院50年来，近29万婴儿在这里诞生。
2002年北京市政府投资扩建了新院，成为我院面向二十一世纪可持续发展新的里程碑。现为一院两址：新院为东院区，位于朝阳区姚家园路251号，以产科、新生儿科、妇科和__医学科为主。老院为西院区，位于市中心的东城区骑河楼17号，以妇科微创中心和妇科肿瘤科为主，东西两院均设有计划生育科、中医科。
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