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1990年本所首次通过重庆市质量技术监督局计量认证，现已通过“药品、保健食品、化妆品、食品、直接接触药品的包装材料与洁净环境”等6大类资质认定能力参数。2004年5月本所被香港特区卫生署认定为可从事香港中成药注册检验的国内药品检验所。2008年6月首次通过中国合格评定国家认可委员会实验室认可，现实验室认可已通过包括“药品、重庆市食品药品检验所，http://www.cqidc.org.cn，生物制品、保健食品、化妆品、食品、直接接触药品的包装材料与洁净环境”等7大类认可能力参数。
本所是从事药品检验的专门机构，也是经国家授权的中华人民共和国口岸药品检验所，承担药品、保健食品、化妆品、食品和直接接触药品的包装材料的检验工作以及洁净环境的检测工作，开展相关标准的研究，参与食品药品等质量安全突发事件的应急处理，承办市食品药品监督管理局交办的其他事项。
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