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2004年12月，按照总局统一部署，与交通厅、人事厅等有关部门密切配合，完成了车购税稽征业务人员划转移交接收工作。
2000年11月，根据《国家税务系统机构改革方案》及总局对湖南省国税局机构改革的批复精神，省局机关处室调整为18个，其中行政处室9个：办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、湖南省国家税务局官网征收管理处、计划财务处、人事处、教育处、监察室。直属分局3个：稽查局、进出口税收管理分局、涉外税收管理分局；另设机关党委办公室、离退休干部管理办公室。湖南国家税务局▲事业单位6个：机关服务中心、信息中心、税收科学研究所、税务杂志社、注册税务师管理中心、机关招待所。同时，根据新一轮征管改革的要求，按照集中征收、属地管理的原则，对各级国税局机构进行了调整和统一规范。全系统县市区分局由原来135个减少为133个；基层税务所（分局）由原来的591个撤并为425个税务所，减少166个，减少28%。
1995年8月，湖南省国家税务局官网，省局根据国税系统税收征管范围的调整和省委、省政府部署的撤区并乡建镇改革，在全省各县市区局实行撤销税务所建立征收分局的改革，至1996年7月全面完成改革。共撤销税务所864个，成立征收分局586个，新审批26个税务所，基层单位减少252个。
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1994年全国实施税制改革和机构改革，湖南省税务机构一分为二，于1994年8月15日成立湖南省国家税务局和湖南省地方税务局，两局均为正厅级单位。分设后的湖南省国税局共辖14个地州市国家税务局，2所学校（湖南税务高等专科学校、湖南省税务干部中等专业学校），140个县市分局，956个税务所。1994年12月，湖南省税务干部中等专业学校成建制移交省人事厅组建湖南行政学院。
