消化、肾内科：在我市较早开展ERCP诊疗技术，其中十二指肠乳头切开、胆道碎石、取石，胰胆管内支架置放术、内镜下注射止血或肿瘤内药物注射术处于市内领先地位。应用血透、血滤、血灌等技术治疗多种急性中毒、心衰、肺小肿、重症肝炎及胰腺炎，应用血滤技术解决肝硬化顽固性腹水等取得了很大成功
心血管内科：在冠心病、心梗塞的诊治方面较早开展了冠心病的介入诊断、治疗，诊治病例数载本市前茅。在高血压、冠心病诊治及科研方面处在市内领先地位，在高血压系列科研方面尤为突出，先后获多项省级、市级科研技术成果奖。开展了：经皮冠状动脉成形术；冠状动脉内支架置入术；经挠动脉穿刺行冠脉介入治疗；左右心室检查造影术、埋藏式永久起搏器装置术、临时起搏器安术；先心介入治疗等。设有彩色中央监护系统、24小时动态心电检测、活动平板检测
眼科：率先在桂林市开展白内障超声乳化吸出+人工晶体植入术，角膜移植术，开展玻璃体切割术及视网膜激光光凝术、青光眼YAG激光治疗等，复明成功率达98.02%，拥有白内障超声乳化机2台、眼科YAG激光治疗机、倍频532眼科激光治疗机、玻璃体切割机、眼底荧光血管造影仪等先进眼科诊疗设备
内分泌科：是桂林市糖尿病医疗教育中心，在桂林市有着广泛良好的影响，对救治糖尿病各种急慢性并发症方面有丰富的临床经验。开展了：1.糖尿病及各种急慢性并发症的诊断治疗；2.甲亢、甲状腺肿、甲状腺瘤、甲亢性心脏病及并发症治疗；3.风湿免疫类疾病如红斑狼疮、硬皮病、干综合征类风湿关节炎诊断治疗；4.中老年骨质疏松、更年期综合症等疾病的治疗
医院设有23个临床专业科室，11个医技科室，25个专科门诊，编制床位503张，是桂林医学院第二临床学院、桂林市中毒救治中心、广西新农合医疗定点医院。医院连续四次被市民投票评为桂林市最佳服务单位，先后被授予自治区文明医院、三星级绿色环保医院、广西卫生系统科技工作先进单位、桂林市品牌服务单位等荣誉称号。
呼吸内科：在呼吸支持治疗（有创及无创呼吸机治疗呼吸衰竭）以睡眠呼吸暂停的诊断治疗方面均处于市内同行领先水平，积累了丰富临床经验。开展了睡眠呼吸障碍性疾病的诊断治疗；无创通气治疗及心衰治疗；尘肺病的诊断治疗、矽肺的诊断治疗、经皮肺穿的检查、支气管哮喘的规范治疗、COPD（慢性阻塞性肺部疾病）、呼吸危重症的抢救等。
桂林市第二人民医院是一所集医疗、预防、保健、教学、科研等功能于一体的三级甲等综合性医院，始建于1916年，拥有副主任、副教授以上职称65人，中级职称284人，在职研究生11人，以心血管内科、消化内科、内分泌内科、呼吸内科、普外科、骨科、眼科、新生儿科、麻醉科、物理诊断科、放射科为优势科室，是全市医院中唯一取得职业健康体检与职业病诊断资格医院。
普通外科：开展胸腔镜、腹腔镜下手术颇具特色，在市内率先开展了对各种良、恶性肿瘤的选择性腔镜治疗。在消化道肿瘤的根治手术、早期乳癌手术等积累了丰富的临床经验。开展了：负填式无张力疝修补在老年复发疝的应用；晚期食道癌食道狭管带膜支架置入术；各种腔镜手术
