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保健院设有妇科、产科、儿科、内科、外科、乳腺科、男性科、耳鼻喉科、眼科、整形美容外科、口腔科等门诊，杭州市余杭区妇幼保健院官网开设妇科、产科、儿科、乳腺科、小儿外科等八个病区。儿科被省卫生厅列入第二批浙江省县级医学龙头学科建设单位，产科被列为杭州市医学重点学科，妇产科被评为余杭区名科，妇科为院级重点学科。杭州市余杭区妇幼保健院▲成立了余杭区产前筛查中心、余杭区孕产妇急救分中心，推出水中分娩、无痛分娩、导乐分娩、拉玛泽减痛分娩、产后康复治疗、孕妇及儿童营养门诊、儿童智力测定、儿童感觉统合训练等特色服务，其中水中分娩技术为目前省内唯一开展单位。开展了严重产科DIC、凶险型前置胎盘、胎盘早剥等产科难产手术，杭州市余杭区妇幼保健院官网，子宫肌瘤、子宫肉瘤、卵巢良性肿瘤等妇科腔镜微创手术，卵巢癌、宫颈癌等妇科肿瘤盆腔清扫术，乳腺癌改良根治术、乳腺真空活检系统和乳管镜等乳腺微创技术，小儿腹股沟疝修补术、隐睾下降固定术、肠套叠手术复位等儿外科手术，专科诊疗业务水平区内领先。成立了全区乳腺癌病友联谊会，开展乳腺癌病人的术后随访观察和疾病档案管理、门诊、专家会诊、病友联谊、免费体检等各种活动。
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杭州市余杭区妇幼保健院是一所集医疗保健于一体的三级乙等妇幼保健院，担负着全区妇女儿童医疗保健和公共卫生管理职能，是浙大医学院附属儿童医院、浙大医学院附属妇产科医院和上海交通大学附属瑞金医院乳腺病诊治中心的协作医院。先后荣获国家级爱婴医院、浙江省文明单位、浙江省平安医院、浙江省绿色医院、浙江省健康促进医院、浙江省爱国卫生先进单位、浙江省无烟单位、浙江省育儿健康教育基地、浙江省示范孕妇学校、杭州市 “三八 ”红旗集体、杭州市先进基层党组织、杭州市绿化先进单位、杭州市最清洁单位、杭州市绿色医院、杭州市平安示范医院、党建带工建三级联创杭州市级先进职工之家、余杭区重才爱才先进单位、余杭区 “五一文化奖 ”、余杭区社会单位消防安全 “四个能力 ”建设先进单位等称号。
