上海医药工业研究院的历史是中国医药科研发展的一个侧影，是整个中国医药工业研究总院以及下属各公司、研究所、研究中心共同的辉煌历史。
上海医工院与一般科研院所相比，拥有上市公司作为科研成果中试放大和产业化基地，创新链条完备；与一般企业相比，又形成了比较完备的技术创新格局和科研人才培育体系；与一般高校相比，我们建立了切近市场、富有特色的药学人才培养机制，技术创新人才的后续力量不断强化。内部产学研一体化良性 “小循环 ”得以形成。上海医药工业研究院官网同时在与企业、高校强化对接与合作中，共同构筑了产学研相结合的技术创新 “大循环 ”，以不断提升行业的技术创新水平。以 “小循环 ”推动 “大循环 ”，以 “大循环 ”优化 “小循环 ”，相得益彰，卓有成效。
近年来，上海医工院以建立产学研联盟或联合试验室等形式，上海医药工业研究院▲与行业内重要企业开展合作，如：与石药集团建立 “抗生素产业技术创新联盟 ”，与华药集团建立 “微生物药物技术创新战略联盟 ”等等，取得众多合作成果。如，我院的 “普利类药物技术 ”，使华海制药成为 “世界普利类药物专家工厂 ”； “蒽环类系列抗肿瘤抗生素技术 ”，使浙江海正医药迅速壮大；抗肿瘤化学药物，使恒瑞制药成为国内抗肿瘤化学药物领先企业，等等。
建院后的五十多年时间里，上海医工院众多科研成果相继推广转化为生产力。70年代以前国内医药行业吸纳的科研成果大多出自我院。改革开放以来，我院研发的溶血栓药物 “高纯度尿激酶 ”、上海医药工业研究院官网，抗肿瘤抗生素 “阿霉素 ”、一类新药新型半合成头孢菌素 “头孢硫脒 ”、 “胶原酶 ”以及维生素B6恶唑还原合成新工艺、依托泊甙生产工艺、维生素C生产工艺、药物制剂缓控释技术等2000余项重大科研成果，推广到各省、市、自治区转化为生产力，有力推动了我国医药工业的升级换代，改变了国内市场对国外相关药物的进口依赖。值得一提的是，部分实现产业化的治疗重大疾病的科研成果，大大降低了生产企业原料成本，带动国内制剂产品降价，迫使国外产品的进口价大幅下降，造福社会，惠及民生。
2010年11月，经国药集团董事会研究决定，在我院和四川抗菌素工业研究所的基础上，建立中国医药工业研究总院。
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上海医药工业研究院创建于1957年，是一家综合性、应用型的国家级医药工业技术研究机构，在国内医药界乃至海外享有盛誉，曾先后隶属于国家化工部、医药局、药监局。2000年10月转制为国有重要骨干企业，先后隶属于中央企业工委、国务院国资委。
