2001年改制为独立行政法人，其组织共分为管理、美术、艺能、保存科学、修复技术等五个部门，以及情报调整室与国际文化财保存修复协力中心。该所在中国龙门石窟、柬埔寨吴哥窟以及东南亚其它国家都开展了合作保护工作。东京文化财研究所是一个集非物质文化遗产保护、文物保存、及修复、教学等功能于一身的综合机构，作为独立行政法人自负盈亏;2006年4月获得民间组织身份，目前有各类研究人员50余人。9年前它是一家政府机构，目前其活动经费仍由国家提供。2007年4月，东京、京都、奈良、九州的4家博物馆和东京、奈良两家研究。
TobunKen一个集非物质文化遗产保护、文物保存及修复、教学等功能于一身的综合机构，作为独立行政法人自负盈亏;该所还有着健全的资料检索系统，为科学研究提供了必要的技术支撑。
