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协会领导机构为理事会，第三届理事会由65名理事组成，理事成员均为全国从事水处理行业工作的领导、专家和专业技术人员。协会下设技术工作委员会、教育工作委员会、对外交流工作委员会和化学清洗单位资质评定委员会。秘书处是其常设办事机构。
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中国水处理协会由国家相关部门审议批准成立。是由从事水处理设计、制造、安装、检验、维修、改造、使用及其相关工作的单位和个人自愿结成的全国专业性、非营利性的社会民间组织。
