1999年根据党中央关于军队不再经商办企业的决定，经国务院批准，原海军直属的三家企业，四个地区企业管理局及所属共68家企业并入中国海洋航空公司，成立中国海洋航空集团公司，由海军移交中央企业工委管理，总部设在北京，子公司及分支机构主要分布于中国沿海地区成为其全资子公司国际经贸，航运航空，酒店旅游，区域开发，研发制造等曾为海军港口，码头，机场军事设施的建设作出过重要贡献，可承揽中外港口，码头，机场，道路，桥梁，工业与民用建筑，清淤疏浚等各类工程的勘测，设计，施工，安装；中海工程建设总局承建的青岛海西湾造船坞工程以世界第二，中国第一的规模填补了我国造大船坞的空白；多种类型船舶组成的海洋运输船队，可为中外客户承运油料，粮食，矿石，化工产品，杂货等各种商品；全资的上海海虹集团今辰药业有限公司研制生产的各类中西药品在国内市场享有较高声誉；所属的中海国际旅行社和分布在沿海数十家宾馆，可为社会各界提供优质服务；集团公司还享有独立组团出境，外事邀请权，外事审批权，商品进出口经营权除了不断对内部资源进行优化重组外，还十分注重下属企业的技术改造和质量管理，一批企业经过努力实现了行业达标认证，如：中海航集团国际航运有限公司通过了ISM规则认证；今辰药业有限公司9个剂型15条生产线通过了GMP认证；中海工程建设总局，青岛海青机械总厂，海虹出租汽车公司等企业通过了ISO9001，ISO14001或ISO18001等认证培育核心竞争力等措施，经济效益得到了大幅提升。
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