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医院根据现今医疗行业的发展趋势，设置了如下科室大内科、大外科、儿科、男性不育科、女性不孕科、男性前列腺科、妇科、周口中山医院，http://www.zkzsyy.net，乳腺科、男性性功能障碍科、男性泌尿感染科、女性泌尿感染科、肝病科、耳鼻喉科、胃肠科、康复理疗、免疫实验室、生化学实验室、病理学实验室等20多个临床科室。并严格按照现代化医院管理体系标准来配置，实行网络信息智能一体化管理，周口中山医院积极探索适应现代化医院发展的新的医疗模式。
周口中山医院现为北京医科大学第三人民医院技术合作单位、郑州大学医学院临床教学医院、复旦大学华山医院技术合作单位，根据临床需要成立了男性不育课题组、女性不孕课题组、乳腺增生病课题组、乳腺癌课题组、小儿科课题组、心血管课题组、男性性功能障碍课题组、女性妇科病课题组、成年人肝病课题组、未成年人肝病课题组等。同时与国内多家著名科研机构建立了友好协作关系。
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