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医院始终坚持姓军为兵、姓军为战的办院方向，秉承 “做行业典范、建一流名院 ”的建院理念，按照 “适度规模、内涵建设、创新发展，以质量特色取胜 ”的发展思路，努力建设 “跻身世界一流名院方阵的研究型医院 ”。西南医院，http://www.swhospital.com， 2002 年，在国内较早通过英国皇家标准协会 (BSI) 的 IS09001 质量管理体系认证 ;2003 年，建成 9.7 万平方米的外科大楼 ;2006 年，建成设施完备、功能齐全的临床技能模拟培训中心 ;2007 年，建成 7.6 万平方米、能够同时容纳一万人就诊、集现代化智能化人性化生态化于一体的新门急诊大楼，获批全国首批数字化试点示范医院 ;2010 年，通过国际 SIDCER __认证。先后获全国优质服务百佳医院、全国百姓放心示范医院、全国医院文化建设先进单位、西南医院全国百姓放心示范医院、全国精神文明建设先进单位、全军先进医院、全军为部队服务先进单位、总后先进师旅团级党委、重庆市民看病首选医院等殊荣。
医疗特色突出 形成了创 ( 烧 ) 伤、消化系疾病 ( 肝病 ) 、心脑血管病、感染病、泌尿系疾病、眼病、肿瘤综合诊治、康复整形等八大临床优势领域 ; 培育了乳腺、关节、风湿病、眼底病、前列腺疾病、疼痛治疗、心理治疗、优生优育等八大临床专病特色 ; 锻造了大器官移植 ( 心、肝、肾、多器官联合 ) 、全系列微创外科 ( 各系统腹腔镜、介入、内镜、西南医院，http://www.swhospital.com，射频 ) 、危重症救治、组织工程修复、基因诊断治疗等五大临床核心伎术。
学科优势明显 拥有国家级重点学科 10 个 ( 烧伤科、肝胆科、感染病、泌尿外科、神经外科、骨科、胸心外科、整形外科、心血管内科、呼吸内科 ) ，国家重点培育学科 2 个 ( 消化科、眼科 ) ，国家中医药管理局重点学科 1 个 ( 中西医结合风湿病 ) ，全军医学研究所 7 个 ( 烧伤科、肝胆科、感染科、西南医院；泌尿科、消化科、神经外科、病理科 ) ，全军专科专病中心 7 个 ( 骨科、眼科、普外科、检验科、妇产科、心内科、康复科 ) ，临床医学一级学科均为博士学位授权学科及重庆市重点学科。
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