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建院60年来，传染病院人以执着的意志，严谨的学风，精湛的医术和高尚的医德书写了辉煌的历史。今天的传染病院人正为铸就一流的传染病医院，书写着新的篇章。
医院文化是医院的灵魂。医院高度重视文化建设，积极传承、传播、发展传染病医院文化。于2005年2月26日网站开通（www.hzcrby.com）；2006年5月19日院徽诞生；2007年1月26日，山东省菏泽市传染病医院官网以博爱、奉献为主体的院歌《托起生命的太阳》完成作词和谱曲；同年4月16日，涵盖了几代传染病院人的办院经验和新时期办院的理念的《团队规范》，篆刻在医院文化主题平台上，激励着全院干部职工的工作热情，提高了凝聚力和战斗力。医院环境宜人，栽种了600多棵名贵树木；修建了病人休闲广场、假山、山东菏泽市传染病医院▲喷泉、康复亭和医院文化主体平台等，为患者创造了优美舒心的就医环境。为员工创造了安全舒适的工作环境。
医疗服务质量是医院永恒的主题。医院始终将医疗质量，医疗安全和提升医疗服务水平作为工作的重中之重。医院建立了院、科二级医疗质量管控体系，显著提高了医院质量。病人满意度逐年提高，有效减少了医患纠纷的发生。
医院现有在职职工180余人，其中正高5人，副高21人；许多学科带头人在中国防痨协会、中国医院协会、山东省菏泽市传染病医院官网，中国医院协会传染病管理分会、省防痨协会及其它分会任常务理事、理事、副主任委员、理事长等职。设立临床医技科室20个，开放住院床位300多张，年收治住院病人达3000余人次。医院收治结核、肝病、手足口病等各类传染病。，肝病、结核病诊疗水平居市内领先，手足口病诊疗水平居省内先进。
医院占地46.3亩，总建筑面积12000余平方米，设立病床200余张。医院布局规范，设置合理。拥有全省唯一的负压病房。病房设有独立卫生间，山东菏泽市传染病医院▲，安装有空调、电视机、电热淋浴器和网线等；配有中心供氧、负压吸引和呼叫系统；病房楼设有三部电梯，供医务人员，病员和污物外运分别使用。医院院内设有医务人员和病人通道，门诊病房设有三区二通道，消毒隔离和防护规范化，减少了疾病传播。
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菏泽市传染病医院是集医疗、教学、科研于一体的传染病专科医院。先后与北京航天中心医院、北京佑安医院、山东省胸科医院结为友好合作医院。是菏泽市委、市政府和市卫生局指定的全市传染病重症救治定点医院。是菏泽市传染病重症救治中心。
