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2001年，乘着国家西部大开发的东风，总投资107亿元的塔里木河流域近期综合治理项目作为西部大开发的重要标志性工程全面启动。塔里木河流域近期综合治理项目以生态建设和环境保护为根本，以水资源的合理配置、高效利用和有效保护为中心，通过灌区节水改造工程、地下水开发利用工程、平原水库改造工程、河道治理工程、干流生态建设工程、塔河网官网博斯腾湖输水系统工程、下坂地山区水库工程、流域水资源统一调度管理系统建设、前期工作和科学研究等九类规划项目，全面进行流域综合治理，以初步修复和改善塔河下游生态。 截止目前，塔河综合治理项目累计已完成326项单项工程、总投资83.51亿元的前期储备工作；累计完成投资33.30亿元建设任务，塔河网▲开工168个项目，完工93个；干流分水枢纽、堤防、生态闸等主体工程基本完工；塔河治理项目三大标志性工程博湖东泵站、恰拉水库改扩建工程、库河东岸输水总干渠工程已接近尾声，今年均可完工；塔河项目中唯一一座大型山区控制性水库工程 mdash; mdash;下坂地水利枢纽已完成 “四通一平 ”，可研报告已通过国家发__批准，今年可开工建设。
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1990年8月9日自治区编委以新编字131号批准成立了新疆水利厅塔里木河流域管理局。塔里木河流域管理局成立时为全额拨款副厅级事业单位，自治区编委于2001年4月16日以新机编字17号文下发了 “关于新疆维吾尔自治区塔里木河流域管理局升格的批复 ”，将塔里木河流域管理局由副厅级升格为全额拨款正厅级事业单位。附属机构：下坂地水利枢纽工程建设管理局、巴州管理处、阿克苏管理处、干流建设管理处、科研信息所、驻乌鲁木齐办事处、驻北京办事处、水利经济民警分队、水政监察分队。内设机构：办公室、组织宣传处、计划财务处、规划生态保护管理处、水政水资源处、工程建设管理处。塔里木河流域管理局编制194名，局领导职数6名，处级领导职数32名。现有局领导7名（含挂职副局长1名）。
