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兵团法院作为自治区法院的重要组成部分，是伴随着新疆兵团的成立、发展和壮大而成长起来的 。 1954 年 10 月兵团正式组建并成立军法处，在下属 10 个师级单位设立军法处，行使刑事审判权。 1956 年 8 月兵团各级军法处改建为军事法院，隶属新疆军区军事法院领导，依法审理刑事及部分民事案件，并担负改造、教育在押罪犯的任务。 1975 年 3 月兵团建制被撤消，兵团各级军事法院相应并入自治区高级人民法院及地、州、市所在地中级人民法院。 1981 年 12 月兵团恢复建制。 1983 年 11 月，兵团公、检、法、司及监狱管理等机构恢复建立。恢复组建后的兵团法院按三级设置，行使普通法院的审判权，死刑案件由自治区高级人民法院复核。 1998 年 12 月 29 日全国人大第九届第六次会议确立了兵团法院的法律地位，并就其机构设置、监督关系、人事任免、案件管辖等问题作了原则性规定。 2000 年 5 月，兵团各级法院改五角星印章而启用国徽印章。兵团法院系统现设有三级 36 个人民法院，其中，作为自治区高级人民法院的派出机构兵团分院设在乌鲁木齐市，在全区 10 个地州市所在地的农业师设有 10 个中级人民法院，农十三师（原哈密农场管理局）和农牧团场相对集中的垦区，设有 25 个基层人民法院，并派出 30 个人民法庭。现有人员编制 931 名。兵团分院管辖兵团各中级人民法院判决的除死刑（含死缓）案件以外的二审案件、辖区内标的 1000 万元以上的一审案件，其判决和裁定为自治区高级人民法院一级的判决和裁定；师中级人民法院行使地州一级中级法院的审判权限；垦区人民法院行使县级基层法院审判权限。兵团分院业务上受自治区高级人民法院的监督、指导，同时监督指导所属中院、基层院的审判工作，党政工作接受兵团党委的领导。
