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目前拥有国家级重点学科15个，全军专科中心、研究所14个，全军重点实验室2个，上海市临床医学中心2个、重点学科1个、医学领先专业重点学科2个、专业质控中心5个、急救中心1个、示范学科1个，为全军、上海长海医院官网全国临床药理基地。创办了《中华胰腺病杂志》、《中西医结合学报》、《药学服务与研究》、《Journal of Interventional Gastroenterology》等四本学术期刊。发表论文、中标科研基金和科研成果历年来保持全国各大医院领先水平。
医院学科特色明显，60年代以来先后形成肝胆外科、胸心外科、上海长海医院▲烧伤外科、消化内科、泌尿外科、中西医结合科、影像科等特色学科。在胰腺癌、前列腺癌、结直肠癌、肝癌、乳腺癌、肺癌等常见恶性肿瘤的内外科治疗，心脏病、脑血管病和大血管病的介入治疗，严重烧（创）伤救治、上海长海医院官网，泌尿系结石、胰腺疾病、肛肠疾病诊治、颈椎脊柱病诊治及血液净化、腹腔镜手术、 “细胞刀 ”治疗帕金森病、整形整容、准分子激光近视手术、影像诊断、X线刀、微波治疗、放射治疗、基因治疗等方面形成了鲜明的特色。医院门急诊总量、手术例次、收治病人数、病人满意度、医护质量稳居上海市同类医院前列。
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第二军医大学第一附属医院（上海长海医院）创建于1949年，是一所集医疗、教学、科研为一体的现代化大型综合性医院。1993年首批评为三级甲等医院，1998年荣膺 “全国百佳医院 ”称号，连续14届被评为上海市文明单位。
