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中国载人航天工程办公室下设科技计划局、工程建设局、总体技术局、国际合作局、新闻宣传局。科技计划局主要负责规划、计划、中国载人航天工程，http://www.cmse.gov.cn，经费、研制、质量、飞行任务的管理，工程建设局主要负责工程的保障条件建设，总体技术局主要负责总体方案设计、总体技术协调，国际合作局主要负责工程的国际合作与交流，新闻宣传局主要负责新闻发布和对外宣传工作。
中国载人航天工程按行政、技术两条指挥线组织开展研制、建设工作，设立了总指挥、总设计师联席会议制度。中国载人航天工程总指挥、总设计师联席会议研究决定工程实施过程中的重要问题，重大决策报请国务院批准后实施。工程总指挥、副总指挥分别由总装备部、工业与信息化部、中国科学院和航天科技集团公司领导担任；工程总设计师、副总设计师由技术专家担任。
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