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近几年医院注重交流合作，与首都医科大学附属北京儿童医院结为 “姊妹医院 ”，与青海省妇儿医院、广州市儿童医院、重庆医科大学附属儿科医院、上海复旦大学附属儿科医院结为 “友好医院 ”，与四川大学华西临床医学院建立了远程教学会诊、与广州医学院第三附属医院（妇产医院）建立专业培训、技术指导合作关系，同时，还与疆内多家兄弟医院建立友好协作关系。
南院以儿童医疗保健为主，乌鲁木齐儿童医院官网是乌鲁木齐市儿童重症救治中心。设有儿童感染科、呼吸科、康复医学科、消化科、心肾科、新生儿科、神经内科、血液免疫科、乌鲁木齐儿童医院▲外科、耳鼻咽喉科、重症医学科（PICU）病区。门诊设有皮肤科、内分泌科、口腔科、眼科、儿童保健科、院前院内急救及体检中心等科室。设有检验科、输血科、电生理室、放射科、CT、乌鲁木齐儿童医院官网，B超、药剂科等辅助科室。
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乌鲁木齐市第一人民医院（儿童医院）分为南、北两部分，南院始建于1934年，为疆内第一家西医医院，称北门医院，位于乌鲁木齐天山区人口密集的繁华地区，占地面积1.2万平方米，1997年6月1日挂牌为乌鲁木齐儿童医院。北院（原乌鲁木齐县人民医院），2002年6月整建制移交乌鲁木齐市第一人民医院，称为乌鲁木齐市第一人民医院分院，位于乌鲁木齐市新市区河南东路，占地面积2.73万平方米。
