目前标本收藏主要有：模式标本、腊叶标本、种子标本、植物化石标本、植物DNS标本、中国植物图像库，用户可以通过植物名称来搜索中国植物志里面的植物资料。
依托本馆主持承担的《中国高等植物图鉴》、(秦仁昌)蕨类植物分类系统、《中国植物志》等三项成果获得国家自然科学一等奖，同时为《Flora of China》、《Flora of Pan-Himalayas》等一系列科学巨著的编研、植物学科的发展和科学传播做出了重要贡献。
中国科学院植物研究所标本馆的历史可追溯到1928年成立的北平静生生物调查所植物部标本室(PE)。经过80多年的建设，目前馆藏腊叶标本逾260万号(其中模式标本1.7万余份)，为亚洲最大的植物标本馆。
