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北京市卫生监督所的主要职责是：依法监督管理食品、消毒产品、生活饮用水及涉及饮用水卫生安全产品；依法监督管理公共场所、职业、放射、学校卫生等工作；依法监督传染病防治工作；依法监督医疗机构和采供血机构及其执业人员的执业活动，整顿和规范医疗服务市场，打击非法行医和非法采供血行为；承担法律法规规定的其他职责。2005年9月开始，承担市卫生局卫生监督处相关职能。
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北京市卫生监督所是北京市卫生局依法在全市行使卫生监督执法职能的执行机构，目前负责执行6部法律，25部行政法规，5个地方性法规，200多个部门规章，以及卫生部和市卫生局发布的规范性文件，依法承担着保护广大市民健康的重要职能。
