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环境生物学和分子生态学：植物-昆虫-微生物间的相互作用，植物和昆虫对环境的适应机制，昆虫系统学与协同进化，现代农业，空间生物学。
功能基因组学：水稻、拟南芥、棉花、油菜等重要生物学和经济性状基因的定位及克隆，基因表达谱和功能分析，中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所，http://www.sippe.ac.cn，转录因子及基因表达调控机制，细胞分化和模式建成，突变群体的构建，家蚕功能基因组学。
植物分子遗传国家重点实验室；国家植物基因研究中心(华东)；光合作用实验室、环境生物学和分子生态学实验室；中国科学院合成生物学重点实验室；中国科学院昆虫发育与进化生物学重点实验室以及中国科学院国家基因研究中心等。
截止2011年底，全所在职职工403人，其中研究员51人，副研究员和高级工程师55人。研究所现有中国科学院院士9人，国家杰出青年基金获得者11人，中组部 “顶尖千人计划 ”入选者1人、 “千人计划 ”入选者1人、 “青年千人计划 ”入选者1人，中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所中科院 “百人计划 ”入选者28人，具有研究生学历236人，具有博士学位人员134人。1997年被批准为中科院博士生重点培养基地，目前在学研究生352名，在站博士后39名。
2010-2011年，共发表科研论文160余篇，在NatureGenetics、Science、PNAS、PlantCell、PLoSGenetics等国际一流学术期刊上发表论文13篇，相关成果获得授权专利23项，1个作物新品种获得新品种权保护。
行业，机构，公司，研究所，中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所官网：http://www.sippe.ac.cn
