医院是全省妇幼保健技术指导中心、专科性教学医院，为福建卫生职业技术学院附属医院，福建医科大学教学医院，承担妇产科、儿科专业的临床教学任务，并作为医学院校学生的临床实习基地，同时承担基层妇幼保健人员的进修培养工作。医院设4个硕士点，福建省妇幼保健院，http://www.fjsfy.com，承担国内、外研究生的培养和实习任务。中华医学会福建省分会妇产科分会、儿科分会、围产医学分会、妇幼保健协会、计划生育协会、中华护理学会福建省护理学分会妇产科分会、儿科分会__医院开展工作。
临床部下设妇科、产科、儿科、新生儿科、外科等临床科室和综合手术科、福建省妇幼保健院检验科、物理诊断科等11个辅助医技科室。福建省新生儿救护中心、福建省新生儿疾病筛查中心、福建省宫颈疾病诊治保健中心__医院，负责全省范围新生儿疾病防治和救护工作、新生儿疾病筛查工作以及妇女宫颈疾病防治工作。设在院内的福建省__健康中心于2003年通过国家卫生部专家组评审，成为省内首家获准开展辅助__技术的医疗机构，开展__健康领域的临床、科研、培训工作。主要从事体外受精胚胎移植技术研究，1999年1月5日我省首例双胞胎试管婴儿诞生，填补省内__医学空白，现中心每年完成 “试管婴儿 ”手术近300例，临床妊娠率达到40％左右，正进行第三代试管婴儿即胚胎种植前诊断研究工作。筹建中的福建省产前诊断中心在遗传优生方面研究处于国内先进水平，四次检测出异常染色体核型均为世界首报。
医院占地面积27394.55平方米，建筑面积44844平方米，现有床位700张，职工总数830人，卫生技术人员710人，其中正（副）主任医师、教授等高级人才92人，福建省妇幼保健院，http://www.fjsfy.com，中级职称180人，享受国务院特殊津贴6人。2006年医院年门诊量84万人次，住院人数2.5万人次，分娩产妇1.06万人，手术总例数8977例。
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