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植物园“十二·五”期间发展的总体目标是在学术上成为具有较高影响力的国际化研究中心；在环境和生物多样性保护的影响力方面成为国家种质资源保存基地、地区性生物多样性保护的领导者；在景区影响与公众影响力方面成为最美的植物园和热带天堂，并具有较高的自主创新和可持续发展能力。在科学研究方面将从增进科学认知、推进有效保护和促进生物多样性资源可持续利用三方面进一步凝炼科学目标，重点开展生态学研究、保护生物学研究和植物资源的开发利用。
近5年来，我园争取和承担国家及地方重大科学研究项目304项，科研经费较“十·五”增长了55 %；累计发表科研论文649篇，中国科学院西双版纳热带植物园，http://www.xtbg.ac.cn，其中SCI（EI）刊物论文271篇，较前期增加了261 %，发表在SCI刊物I、Ⅱ区间论文56篇，较前期增加了十倍多；出版专著12部，获发明专利授权15项，申请发明专利32项，3个林木良种获得认证，6个项目获云南省科技奖；累计获得云南省自然科学二等奖4项、云南省科技进步三等奖3项。先后在《美国科学院院刊》等国际著名学术期刊上发表多篇研究论文，在区域生物多样性与生态环境保护领域的研究成果多次被《自然》、《科学》上的评述论文引用，中国科学院西双版纳热带植物园已引起国内外同行的广泛关注，并于2008年通过院热带森林生态学重点实验室评审，科研实力进一步加强。
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