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该院同时还设立内科、外科、急诊科、__健康科、麻醉科、检验科、放射科、功能科、药事科、连云港市妇幼保健院，http://lygfybj.com，病理科、体检中心、皮肤科、耳鼻喉科、口腔科、理疗科等，科室设置齐全。
妇女保健科是为女性各年龄阶段提供以保障__健康为重点的医疗和保健咨询的特色科室。如：青春期、婚育期、产褥期、哺乳期、更年期、老年期各阶段的保健服务以及婚前医学检查、连云港市妇幼保健院婚前卫生咨询、婚前卫生指导、优生优育咨询指导、__健康咨询指导等。该科负责全市妇女工作的业务指导以及市区妇女保健工作，为各期妇女提供健康检查、健康档案管理、常见病防治、心理咨询、营养咨询、营养评价和指导的系列保健服务。
生育技术科组建于2000年，下设普通生育技术科、__内分泌科二个二级科室，硕士以上3名，高级职称6名。主要开展夫精宫腔内人工授精、__内分泌疾病的诊疗以及不孕症规范化常规诊疗工作，每年实施夫精宫腔内人工授精120-200个周期，2010年初开展少量科研性质的体外授精工作。多次荣获连云港市政府、市卫生局颁发的科技进步奖、新技术引进奖等奖项，先后承担省级课题1项，市局级课题10项。2011年5月6日，省卫生厅苏卫社妇8号、连云港市妇幼保健院，http://lygfybj.com，9号文正式批准该院人类辅助__、夫精人工授精技术进入临床开展，该项目在苏北率先开展，其中人类辅助__技术目前在苏北仅徐州妇幼保健院和该院具备临床准入资质，成为港城唯一一家人类辅助__、夫精人工授精技术临床专科医院，正式开展规范性临床__技术服务。
妇科作为市级重点专科，主要开展__镜、TCT、HPV规范化宫颈病筛查；微创治疗宫颈病变；宫腔镜诊治宫腔疾病、不孕；盆腔治疗仪治疗盆腔粘连、慢性盆腔炎；生物反馈治疗仪治疗张力性尿失禁；腹腔镜下不孕症诊治、子宫切除、肌瘤剔除术、卵巢囊肿剥除、附件切除术等业务。其中腔镜治疗是该院一大特色，在连云港市及苏北地区享有较高声誉，从2000年开展此项目以来，连云港市妇幼保健院；已经为8000余患者解除了病痛，腔镜治疗无痛、微创的特点已越来越被广大妇女所接受，在治疗子宫肌瘤、宫外孕、卵巢肿瘤、盆腔肿瘤等方面效果显著。
儿童保健科作为本市儿童保健业务指导中心，主要任务是根据儿童的生理特点，开展经常性的预防保健、宣传教育、培训工作，以达到保障儿童身体健康，提高人口素质的目的。主要开展儿童保健、儿童营养、儿童听力测定、儿童心理、儿童康复、儿童眼保健、儿童耳鼻咽喉保健、微量元素测定、婴儿游泳、感觉综合训练等特色服务项目。2011年服务儿童近10万余人次，并率先在省内成立儿童康复中心。2010年，与北京大学医学院遗传中心、海军神经研究所合作开展干细胞治疗神经性疾病（小儿脑瘫）临床应用性研究。连云港市妇幼保健院，http://lygfybj.com！目前在江苏尚属首家，填补省内科研空白。
该院主要开展群体保健、妇女保健、儿童保健、母婴保健技术培训、指导、适宜新技术推广、妇女儿童常见病诊治、产前筛查、产前诊断、新生儿疾病筛查、听力筛查、产科并发症处理、新生儿危重症抢救和治疗等业务。妇产科、新生儿科、儿保科、群保科为市重点学科，其中妇产科被评为市优秀重点学科。
该院开设九个病区，一个训练中心，拥有16排螺旋CT、基因分析仪、荧光定量PCR、数台三维、四维彩超、连云港市妇幼保健院乳腺血氧功能成像系统、CPAP、钼耙机、干化学分析仪、三晶片腹腔镜、一体化产床、产科中央监护系统等大型精良设备。1994年被国家卫生部授予“爱婴医院”称号，先后荣获江苏省文明单位、市政府颁发的母婴安康工程、消防工作、社会保险工作先进集体、市卫生事业发展综合目标考评一等奖、江苏省价格诚信单位，多次荣获市文明单位、市卫生事业发展综合目标考评二等奖，急诊科荣获2003年度全国巾帼文明示范岗，团委荣获2007年度江苏省五四红旗团支部标兵，该院同时还是江苏省新生儿疾病筛查中心连云港分中心、连云港市产前诊断筛查中心。
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