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经过近三十年的建设和发展，市三院已成为专业从事传染病检测、监控、科研、防治为一体的专科特色医院，北京地坛医院皖南合作医院。
医院设有肝病科、皮肤性病科、肝胆外科、放射介入科、芜湖市第三人民医院，http://www.wuhusy.cn，血液净化中心、检验科、药品配送中心等临床医技科室。其中肝病科是医院的重点专科，专治各型肝炎、肝硬化、肝腹水、肝癌等肝病。首家引进人工肝支持系统，提高了重症肝炎的抢救成功率。运用介入化疗各期肝癌，为肿瘤患者提供了高效、价廉的治疗方法。芜湖市第三人民医院其中腹水浓缩回输技术治疗肝硬化腹水和血浆置换与自血光量子联合治疗重型肝炎等科研项目获省、市科技进步奖。
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