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近年来，医院承担一批国家自然科学基金、国家 “863 ”、 “973 ”，等重大科研项目；在Nature、Nature Genetics等著名刊物发表一批高水平论文；在知名出版社出版一批有较高学术价值的专著；获得一批省、市级科研成果及国家发明专利。
近年来，医院年门诊量超过260万人次，出院病人超过4.4万人次，深圳市第二人民医院，http://www.szrch.com，住院手术超过1.7万台次。医院在全市100多家医院医疗质量整体评估中， 连续8年获得三级医院前3名。
医院现有员工2430多人，其中正高190人，副高307人；博士（后）105人，硕士256人；留学归国人员26人，国家级领军人才2人，享受国务院政府特殊津贴专家6人。医院开放病床1259张，扩建新大楼后医院病床数可达2000张，有医疗和科研设备价值近4.0亿元。
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