机构设置：资源建设部、编目部 、流通部 、期刊部、 参考咨询部 、系统部 、古籍部 、CALIS东、北地区中心、科技查新中心、 综合办公室、工学部、流通部 、阅览部、 期刊部 、参考咨询部、 计算机工程部 、技术部 、业务辅导部 、办公室、医学馆、地学馆、信息学馆。
建立了以人文、社会科学、理学、工程技术科学、医学、地质科学和信息科学文献为主体的多种类型、多种载体的综合文献资源体系，覆盖了人文社科、理工农医军等全部十三大学科。藏有各类纸质书刊585万余册，其中古籍40万册，古籍中6000余部为善本。地方志与谱牒、金石拓片与古文字文献的收藏在高校图书馆中名列前茅。订阅外文期刊1268种，中文报刊4914种。图书馆注重数字化文献资源的建设，购买了包括web of science和EI在内的48种西文文献数据库，中国知网等14种中文数据库，超星、书生等电子图书140万册，自建了东北亚研究、地学、汽车、满铁资料等12个数据库。
吉林大学图书馆现有馆舍建筑面积97629平方米，工作人员386人，其中教授1人，研究员1人，研究馆员7人，副研究馆员63人。专业技术人员298人，管理系列7人。具有本科以上学历人员221人，占全馆人员的59.40%。取得博士学位1人，硕士学位69人，学士学位151人。
吉林大学图书馆前身为东北行政学院图书馆，1946年创办于哈尔滨。1948年与哈尔滨大学图书馆合并。1952年改称东北人民大学图书馆。1958年随校名改称吉林大学图书馆。2000年6月，原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学和长春邮电学院合并组成新吉林大学，原五校图书馆也随之合并。
