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南科院已与80多个国家和地区的高等院校和科研院所建立了良好合作关系并拥有直接进出口权；中国政府和联合国开发计划署联合在南科院设立了亚太地区小水电研究培训中心。
南科院占地面积600余亩，已建成南京铁心桥水科学水工程试验研究基地和安徽滁州流域水文生态环境实验基地，拥有40多座试验大厅，试验室面积达12万m2,各类仪器设备6000多台(件)，藏有中、外文图书、资料和期刊32万卷册。承办并定期公开出版《水利水运工程学报》、《海洋工程》、《ChinaOceanEngineering》(英文版，国内外发行，南京水利科学研究院官网EI全文检索)、《岩土工程学报》(EI全文检索)、《水科学进展》(EI全文检索)、《小水电》、《SHPNews》、《水利信息化》等8种期刊。国际水文科学协会中国国家委员会、中国海洋工程学会、中国水利学会岩土工程专业委员会、南京水利科学研究院▲中国水力发电工程学会高坝通航专业委员会、中国水力发电工程学会小水电专业委员会等办事机构设在南科院。
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南京水利科学研究院建于1935年，原名中央水工试验所，是我国最早成立的水利科学研究机构；2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源中具有方向性、关键性和综合性的科学研究任务，兼作水利部大坝安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部南京计量检定中心。
