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“博大精深 仁心惠世 ”为百年老院的当代院训，医院将全面贯彻落实科学发展观，继续发挥人才优势，发扬良好的医德医风，以病人为中心，努力提高医疗服务质量，践行 “救死扶伤 ”和 “教书育人 ”的双使命，为人民群众的生命健康保驾护航，福建医科大学附属第二医院，http://www.fyey.cn，为海峡西岸经济区建设服务。
医院还依托自身免疫病研究室、介入超声研究室、肝胆研究二室、耳鼻喉研究三室、手外科研究室、糖尿病研究室、肾病研究室、骨科生物力学研究室、睡眠呼吸研究室等9个研究室和科研中心，倡导 “创新、求实、严谨、规范 ”实验室室训，福建医科大学附属第二医院大力开展医学科学研究，1997年以来共有59项科研成果获得医学科学技术进步奖，173项研究项目得到政府或研究基金的资助。
医院临床、医技科室齐全，在免疫内科、呼吸内科、心血管内科、肾脏内科、泌尿外科、内分泌科、骨科、耳鼻喉科、影像介入科、普外科、胸心血管外科、妇产科和眼科等专科尤为专长，其中自身免疫病的诊断和治疗、腹部介入超声、呼吸介入技术、心血管超声诊断技术、微创外科技术达到省内领先或国内先进水平。医院拥有核磁共振成像系统（MRI）、数字减影血管造影机(DSA)、螺旋CT、数字化胃肠造影机、流式细胞仪、福建医科大学附属第二医院，http://www.fyey.cn，PCR仪、彩色多普勒超声心动图、腹部彩色超声波、血液透析机、体外循环机、电子直线加速器、数字高频摄片机、骨密度仪、乳腺钼靶、体外震波碎石机、神经电生理检查仪、电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜等先进仪器设备。优秀的人才、精良的设备和完备的医学专科为广大民众提供了全方位的医疗、保健服务，医院目前年门诊量超70万人次、住院量3万多人次、福建医科大学附属第二医院；完成各类手术1.6万余台。
医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平，其中自身免疫风湿病专业省内领先。现任院长是我省自身免疫风湿病学科带头人、博士生导师、国家卫生部有突出贡献中青年专家。
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