组织机构：（1）会员大会：最高权力机构。每6～7年召开一次会议，成立7～9人大会主席团。 （2）中央委员会：大会的执行机构，由大会选举产生，通常由150人左右组成，设正、副主席。每一年半开会一次。世界基督教会联合会，http://www.oikoumene.org，（3）执行委员会：由中央委员会推举产生，由17～18人组成，设正副主席。每半年开会一次。（4）总秘书处：该会的工作机构。设总干事（秘书长)1人。1992年改组机构后，总秘书处下设四个部：合一与复兴部；传道、教育与见证部；公正、和平与创建部；分享与服务部。四个部共负责该会的15个委员会的具体工作。其中比较重要的有：国际事务委员会，1946年设立，世界基督教会联合会该委员会可派观察员列席联合国召开的一切公开会议，并在联合国经济社会理事会获得二级咨询机构的地位；世界传教与布道委员会，其前身是国际宣教协会，1961年新德里大会时并入该会；教会互助、难民与世界服务委员会，1945年设立等等。
世基联的总纲声称： “世基联是各教会的联谊组织，这些教会根据《圣经》，承认主耶稣基督为上帝和救世主，并愿一起努力完成他们的共同使命，荣耀集圣父、圣子、圣灵为一体的独一的上帝 ”。 世界基督教会联合会的号召 “教会合一，世界合一，人类合一 ”。世界基督教教会联合会大力宣传 “教会合一 ”，宣称 “教会是超国家、超民族、超阶级的普世性实体 ”，号召基督新教、天主教和东正教终止历史上的对立，采取联合行动。
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