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医院贯彻 “科教兴院，人才强院 ”的理念，近三年来中标各类科研课题近200项，省部级以上课题35项。其中国级科研项目14项，获福建省科技进步奖4项。有国家中管局三级实验室1个，省卫生厅二级实验室3个，福建省中医药管理局重点研究室3个。作为福建中医药大学的第二临床医学院下设13个临床教研室、2个博士学位培养点和7个硕士学培养点，福建省第二人民医院官网承担福建中医药大学临床理论课的课堂教学和临床实践教学任务。同时与美国雪兰多大学、德国麦茵茨大学、台湾元培科技大学等海内外十几个国家与地区的医学院校与医疗机构建立了合作与交流关系。每年接收近百名台湾等东南亚地区的见、实习生临床教学任务，在学术上形成立足海峡西岸，辐射东南亚的良好态势。
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福建中医药大学附属第二人民医院又名福建省第二人民医院、福建中医药大学第二临床医学院，成立于1990年，现有三个院区，分别为院本部、二化分院、屏山院区(健康体检中心)。现开放床位588张，年门诊量150万，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性中医医院，全国卫生系统先进集体，福建省精神文明单位，福建省先进基层党组织、福建省平安医院，各级医保定点医院，国家康复继续教育基地、国家中医药管理局基层中医药适宜技术推广基地。
