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成立十多年来，协会适应北京卫生事业的发展需求和政府职能转变的形势，不断创新，依靠北京广大医学教育管理者和专家，开展了多层次、多方位的医学教育工作，主要有政府委托的北京住院医师规范化培训、社区卫生服务专业人员和乡村医生的岗位培训与考试考核、继续医学教育管理以及首都医学科研发展基金项目的评审与管理等工作；协会培训中心紧紧围绕卫生工作的中心任务，举办形式多样的培训活动；医疗纠纷协调中心在调解医疗纠纷案例的基础上，深入医院开展防范医疗纠纷的教育讲座，北京医学教育协会官网以改进医疗服务，促进医患关系和谐。协会主办的《北京医学教育信息》月刊已连续出版十年，2008年又开通了网站。
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北京医学教育协会是1999年注册成立的一个以促进首都医学教育事业的进步与发展为宗旨的非政府组织；协会现有理事单位130个，理事200名；设有医学教育培训中心和医疗纠纷协调中心，并设6个业务部门，驻会工作人员28人。
