新站房建设充分体现了 “一切以旅客为中心 ”的理念。站房东西长270米，南北进深53.5米，地下1层，地上3层，站房总建筑面积41000平方米，是原站房面积的6倍。客流高峰期每小时可容纳1万名旅客候车，比原站候车能力增加4倍。售票大厅设有32个售票窗口和8个应急售票窗口，票厅面积1155 m2。南京火车站官网站房一层西端为行李房，中部为售票大厅，东端为软席贵宾候车区；二层为进站大厅、普通候车室、母婴、军人、 “158 ”（要我帮）工作室等专用候车室；三层为普通旅客候车室。为方便旅客在各层之间的衔接，车站共安装各类电梯32部，南京火车站▲其中自动扶梯18部，自动代步电梯4部，垂直升降梯10部（7部残疾人电梯、3部货梯）。
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南京站始建于1968年9月，位于金陵古城城北，地处浩浩扬子江畔，巍巍紫金山下，前临玄武湖，后枕小红山，地理位置优越，景观环境优美。2002年由铁道部、江苏省、南京市三方共同投资在原址改建，新站房改建工程总投资3.5亿元，历时三年，于2005年9月1日作为十运会重点工程项目投入试运行。
