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为进一步加快发展，攀登儿科医学领域的新高峰，为广大患病儿童提供更好的诊疗服务，全院职工努力拼搏，正向具有 “一流技术服务、一流设施、一流科研、一流人才 ”的现代化儿童医院奋进。
医院拥有适合儿童的磁共振成像扫描仪、16排螺旋CT机、南京市儿童医院，http://www.njch.com.cn，数字化平板血管造影机、多功能数字摄影机（DR）、数字化多功能胃肠机、三维彩色多普勒超声诊断仪等大型医疗仪器设备，为临床诊断和治疗提供了重要保证。现代化急诊内科大楼和住院部大楼为就医者提供了舒适的住院环境。
医院技术全面，已开展许多世界前沿的先进诊断、诊疗技术和高难度手术，专科特色、专科优势已经形成。心胸外科每年儿童先心病手术1000余例，成功率98%以上，手术最小年龄为出生后17小时，南京市儿童医院并创造了法洛四联症这一严重先心病连续155例无死亡的国内先进记录。新生儿医疗中心每年收治危重新生儿5000余例，成功抢救孕25周、体重700g患儿，抢救成功率及新生儿缺血缺氧性脑病的治疗处于全国先进水平。其他各临床专科技术也全面发展，例如:脑外科儿童颅脑肿瘤手术及头颅畸形手术；骨科儿童髋关节病诊治及介入治疗股骨头无菌性坏死；泌尿外科儿童下尿路畸形手术；普外科儿童腹腔镜、肿瘤、肝胆疾病及巨结肠手术；新生儿外科危重低体重消化道畸形手术、微创手术及联体儿分离手术；整形外科新生儿出生后即时唇腭裂修复手术；呼吸科婴幼儿电子纤支镜诊疗及哮喘防治；肾脏科儿童肾穿刺及各种血液净化技术；心内科儿童先心病介入治疗；消化科儿童电子纤维胃镜及胃肠起博治疗；神经内科儿童癫痫的诊断治疗；血液科儿童白血病的治疗；风湿免疫科幼年特发性关节炎、SLE、川畸病等多种风湿免疫性疾病的早期诊断、早期治疗；内分泌科儿童矮小症、性发育异常、糖尿病等诊治；康复科脑瘫儿童的早期诊断、早期治疗；儿童保健科儿童体格生长监测和神经心理行为发育筛查、诊断；急诊科危重病儿的抢救及重症监护技术，第一时间捕捉到世界第4例、亚太地区第1例人感染欧洲类禽H1N1猪流感病毒重症病例；麻醉科低龄婴幼儿麻醉技术；耳鼻咽喉科气管异物取出12000余例术中无意外；小儿眼科、小儿口腔科、小儿中医科独具匠心；药剂科小儿自制药品等已形成独具特色的品牌优势。
医院专科齐全，涵盖儿童医疗各个领域。小儿消化科为国家级临床重点专科，小儿心胸外科为江苏省 “科教兴卫工程 ”医学重点学科，小儿肾脏科为江苏省 “科教兴卫工程 ”创新团队。拥有7个省级临床重点专科（小儿心胸外科、南京市儿童医院，http://www.njch.com.cn，新生儿医疗中心、小儿呼吸内科、小儿肾脏科、小儿外科（含普外科、骨科、神经外科、新生儿外科、泌尿外科、烧伤科、整形科）、急诊医学科、小儿心血管内科），6个市级临床重点专科（小儿神经内科、小儿血液肿瘤科、小儿内分泌科、耳鼻咽喉科、麻醉手术科、康复医学科），是江苏省儿童先天性心脏病诊疗中心、南京市儿童医院；江苏省新生儿科质控中心__单位、江苏省 “儿科危重症临床护理专业 ”专科护士培训基地。
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