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国家卫生研究院之滥觞为1988年中央研究院院士会议中，建议政府成立国家医学研究中心，规划小组于1991年开始推动行政院卫生署整合性医药卫生科技研究计画业务，1994年7月设置国家卫生研究院筹备处，于1996年1月正式成立。为有效发挥功能及永续发展，于2004年搬迁至永久院址新竹科学园区竹南基地，并于2007年9月成立国家卫生研究院南部癌症研究中心“国家卫生研究院”www.nhri.org.tw。
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