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医院坚持 “引进与推广 ”、 “普及与提高 ”相结合的方针，鼓励各专科大力引进、推广、应用医疗新技术和适宜技术，目前多专业领域应用的腔镜技术日渐成熟，如腔镜下胃肠道肿瘤根治术及腹腔镜甲状腺切除术年平均开展百余例，这两项技术属自治区领先技术；腔镜下肾癌根治术与肾上腺肿物切除术年开展20余例；腹腔镜胆囊切除术占胆囊手术90%，年开展1000余例；妇科腔镜技术年开展近300例。另外，全膝关节置换术、巴彦淖尔市医院官网脊髓高颈段肿瘤切除术、听神经瘤切除术、嗜胳细胞瘤切除术、甲状腺联合根治术、脊柱侧弯矫形术、喉癌全喉并颈部淋巴结清扫术、胸腺瘤切除术、直肠癌全系膜切除术、急性心梗脑梗的溶栓治疗等大批高新技术在市、巴彦淖尔市医院▲区两级也具有较高的影响力。截至2009年底，医院已完成三级医院必备项目156项，重点项目150项。每年开展新技术项目约60多项。
医院设病床1300张，年病床使用率92.37%。内设科室85个，其中，包括临床科室44个，医技科室15个，行政后勤科室26个。
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巴彦淖尔市医院占地面积7万平方米，建筑面积5.47万平方米，是巴彦淖尔市唯一一所国家三级乙等综合性医院，主要承担全市170万各族群众医疗保健和各旗县区急危重症转诊患者的救治重任。
