昆虫也许并不是很起眼的小生物，但是确是地球上活的最成功的生物。早在人类尚未但生前昆虫已布满了这个世界,今更深深的影响了人类的生活，虽然有的昆虫或许令人生厌，还会带来灾害，但是无可否认的昆虫所益于人类的仍远大于害虫所带来的困扰，尤其五彩缤纷、姿态万千的昆虫，例如蝴蝶、甲虫供兼具娱乐的价值。本馆将本省及世界的各种蝴蝶、蛾类、甲虫类及其他昆虫不惜重资将网罗展示出来，希望借此社会人士能对昆虫世界的奥妙有初步认识与关心，仍请不弃的给予指导。
本馆顾及全省各地参观人士甚多，在埔里镇市区内无法容纳如此多的车与人，于是在长子余启运的策划下，在南村里购地兴建拥有能容纳游览车六十量之博物馆并于民国七十五年间迁入本馆，于此崭新姿态供参观，归功于各界之热心指导、鼓励及长子启运承继父志绵密计划及明智选择付诸实行深名传钵以召人之欣慰，定能日后更为充实与发展更多贡献。
此期间承蒙蒋故总统经国先生、前谢副总统东闵先生、何故上将应钦先生、前省议会议长蔡鸿文先生、前司法院院长林洋港先生等政府首长官之莅临参观指导和鼓励。更要感谢中外新闻媒体、国内外各电视台、各大报社及新闻杂志、日本NHK、产经杂志、读者文摘等采访及推荐，使本馆逐渐受到中外人士的重视及达成社会之共识。
台湾光复后第二代馆长余清金继承父志除向学界发表新种昆虫，如“木生凤蝶”、“木生绿小灰蝶”、“木生长尾水青蛾”、“余清金角金龟”等,并不惜重资细心搜集国内外昆虫制成标本并为纪念先父对昆虫界莫大之贡献以及为继续发展父志，乃于民国六十三年在埔里镇南昌街重建设备完整之昆虫馆，供社会各界及学生参观，每天参观者络绎不绝,盛况空前。
博物馆名称取自于首任馆长徐木生之名，第一代馆长余木生毕生从事昆虫采集研究之工作并发现颇多新品种的甲虫与蝴蝶，提供学术界研究，贡献甚大。不少珍贵标本收藏，奠定昆虫馆之基础， 但因受到战乱影响，珍贵标本损毁殆尽。
木生昆虫博物馆是台湾第一家以昆虫为主题的博物馆，博物馆目前包括蝴蝶生态园区、昆虫食草教育、模拟生态教育、虫虫活体饲养等多个主题园区，还设有儿童DIY教室，为小朋友提供进行生态学习的场所，这里的珍稀昆虫让人大开眼界。
