先后被授予全省卫生工作先进集体、全省卫生系统行风建设先进集体、全省艾滋病综合防治先进单位、全省学习型组织先进单位、全省医政管理先进单位、全省卫生监督先进单位、市级文明单位、全市安全生产先进单位、全市五一劳动奖状、牡丹区2007年度政风行风建设先进单位等多种荣誉称号。
菏泽市牡丹区卫生局官网，教育，政府组织，地方政府网站。
菏泽市牡丹区卫生局机关设4个职能股(室)，包括办公室、人事股、医政股、监控股；另有，新型农村合作医疗管理委员会办公室和红十字会办公室设在机关院内；主要担负着全区的医疗救治、疾病预防、卫生监督、妇幼保健等职能。
