学校现有博士学位授权点48个，硕士学位授权点73个，博士后科研流动站5个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类，拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、南京医科大学官网2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、3个江苏省一级学科重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。
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南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。
