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林业林政科（挂 “县湿地保护办公室 ”牌子）:拟订全县林业发展规划；提出林业发展政策建议；组织开展植树造林和以植树种草等生物措施防治水土流失工作。指导林业生产的管理工作。组织、指导、监督森林病虫害等森林有害生物的防治、检疫和**预报。指导果树、蚕桑、茶树和花卉等生产管理工作；负责编制全县森林采伐限额并监督执行；承担林地林权的有关管理工作；监督检查林木凭证采伐、运输，金湖农业信息网官网指导木材行业工作；负责林权纠纷调处和林地承包合同纠纷仲裁。指导全县国有林场（苗圃）、森林公园、森林和陆生野生动物类型自然保护区及集体林场的建设和管理。组织、协调全县湿地保护工作；负责林业、蚕桑业等生产统计工作。承担县护林防火指挥部办公室的日常工作。
渔业科:拟订并组织实施渔业发展规划；组织指导渔业产业结构调整；组织实施渔业养殖证制度；规划指导水产规模养殖、水产原良种场、金湖农业信息网▲苗种场建设；实施渔业标准化工作；负责水产种苗管理；负责渔业检疫及病虫害防治体系建设；负责渔业减灾工作；指导渔业技术推广队伍的建设。负责水生生物资源的保护工作，监督检查渔业凭证捕捞，监管渔业安全生产；会同有关部门搞好渔业环境监测；组织渔业水域生态环境质量评价、污染事故调查处理、处置突发事件；承担水产养殖用药等投入品使用的监督管理；指导渔业水域环境监测体系建设；负责渔业生产统计工作。
计划与财务审计科:拟订全县农业经济发展战略及中长期发展规划和年度计划；提出全县扶持农业发展的财政、信贷、保险等有关政策和项目建议，经批准后与财政部门共同制定实施方案并指导实施；承担县级农业固定资产投资的相关工作；负责下属单位和系统支农项目、农业基本建设项目资金使用情况审计；负责机关财务工作；编报部门预决算，监督管理预算执行；负责机关和下属单位基本建设、国有资产、政府采购的监督管理；指导下属单位的财务和内部审计工作。
组织人事科:负责机关及下属单位机构编制、人事管理、金湖农业信息网官网，教育培训、党建等工作；按干部管理权限负责干部的培养、选拔、考察等工作；负责农业系列技术职称评聘申报和农业行业工人技术等级考核相关工作；负责机关及指导下属单位离退休干部工作。
农产品质量监督与农业生态环境保护科:承担组织开展农产品质量安全风险评估；组织协调农业投入品的质量检验，组织实施农业技术标准和产品质量标准；组织实施农产品质量安全监测；组织指导全县农业检验检测体系建设；依法实施农产品产地认定和产品认证制度；承担组织农产品质量安全监督管理的有关工作。指导农业生态环境保护、农村可再生能源综合开发利用工作；负责农作物秸秆综合利用工作；指导生态农业、循环农业和农村节能减排工作；承担指导农业面源污染治理和农业生产、农村生活污水治理有关工作；划定农产品禁止生产区域；参与农业生态环境质量监测评价工作；承办外来物种管理的相关工作。
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