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2002年10月25日，瑞金医院在科研工作模式的探索上又迈出了坚实的一步，在国内开创性的成立了 “生物医学研究院 ”。从而形成了 “大科研 ”的新格局，实现科研体制、用人机制和科学研究等的全面创新。该研究院以瑞金医院的研究力量为主，联合中国科学院上海生命科学研究院、原上海第二医科大学健康科学中心、国家人类基因组南方中心等科研单位，瑞金医院官网是我国第一个以医院为主体的、将生命科学与临床医学紧密结合的研究与开发机构。研究院所奉行的 “但求所用，不求所有 ”的用人原则，真正实现了人才的 “柔性流动 ”，使更多科研人员有了施展才华的舞台和空间。
近年来，瑞金医院获得各类科研项目300余项，包括国家自然科学基金重大项目、重点项目、瑞金医院▲面上项目、国家科委863项目、S863项目、973项目、攀登计划、国家八五攻关项目、九五攻关项目、卫生部科研项目、国家教委留学生基金项目、上海市级科研项目等重大项目。医院现有硕士生点29个、博士生点22个，具有招生资格的博士生导师66名、具有招生资格的硕士生导师84名，瑞金医院官网，内、外科均为博士后流动站。医院的科研技术人才在国家杰出人才基金、国家教委跨世纪人才培养基金、上海市启明星计划、启明星后计划、上海市曙光计划、上海市卫生系统百名跨世纪优秀学科带头人计划中占有较重比例。还获得一系列有很高含金量的国际奖项，如：美国灼伤协会伊文思奖，意大利惠特克国际烧伤奖，美国凯特林癌症奖，瑞士布鲁巴赫癌症研究奖，法国卢瓦茨奖和祺诺台杜加奖，以及香港何梁何利基金技术奖等。为了引进先进的技术和设备，瑞金医院还积极开展对外交流与协作，与法国、美国、英国、加拿大、瑞金医院▲，比利时、日本、澳大利亚等国家和香港、台湾、世界卫生组织等地区和组织有着广泛的联系，并建立了多项科研合作。
瑞金医院以所取得的成就和荣誉为动力，为了进一步适应市场需求，医院积极开展高精尖诊疗技术，如微创伤手术、关节镜手术、心血管介入治疗、眼科准分子激光术等，并充分利用医院综合医疗优势，瑞金医院官网实行多学科或跨学科联合会诊制，使医疗诊治水平日益提高。同时医院还将发展目标定位在研究型医院上，借助医院9个市级研究所，医院在肾脏内科、消化内科、内分泌、高血压、中医伤科、急性坏死性胰腺炎、__医学等学科中颇具特色，特别是国家重点研究所的科研优势，立足临床加大科研力度，为人民健康创造出了许多临床新成果。医院还不断深化人性化服务，推出了 “以优质的医疗使病人放心、瑞金医院▲以一流的服务使病人称心、以优美的环境使病人舒心 ”的 “三心工程 ”，以温馨、便捷、优质、高效的服务赢得了社会和病家的信任，促进了医院两个文明建设的发展。
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瑞金医院建于1907年，原名广慈医院，是一所三级甲等大型综合性教学医院。医院占地面积12万平方米，建筑面积24.5万平方米，绿化面积4万平方米，核定床位1600张，全院职工3445人，其中医师1010余人（其中正副教授及各类高级科技人员593人）。拥有中国科学院院士陈竺、中国工程院院士王振义、陈赛娟等一大批在国内外享有较高知名度的医学专家。医院设有34个临床科室、9个医技科室；现有国家教育部重点学科3个（内分泌、血液、消化），上海市重中之重学科1个（血液），上海市重点学科1个（内分泌），上海市优势学科一个（肾脏），上海市教委重点学科6个（消化外科、血液科、内分泌科、骨科、烧伤科、心脏内科），上海市卫生局医学领先专业重点学科3个（消化外科、血液科、肾脏内科）。医院还有6个市级研究所（上海市伤骨科研究所、上海市高血压研究所、上海市内分泌研究所 、上海烧伤研究所、上海血液学研究所、上海消化外科研究所），2个校级研究所（上海交通大学医学院神经病学研究所、上海交通大学心血管病研究所），1个院级研究所（感染病与呼吸病研究所），8个校级研究室，3个院级实验室。此外，还建立了国家重点实验室和教育部重点实验室各1个（医学基因组学重点实验室），2个卫生部重点实验室（人类基因组重点实验室、内分泌代谢重点实验室），4个上海市重点实验室（人类基因组研究重点实验室、血管生物学重点实验室、中西医防治骨关节病损重点实验室、内分泌肿瘤重点实验室）。并通过整合上述科研力量，建立了附属瑞金医院生物医学研究院。同时，还建有与临床诊疗密切结合的一些中心，包括分子医学中心、糖尿病研究中心、血栓与止血研究中心、血液病诊治中心、基因诊断中心、眼科中心、青少年生长发育中心、介入治疗中心、__医学中心等。另外上海市卫生局有4个质量控制中心（康复、骨科、心脏介入、血液）__在瑞金医院。
